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　　一、改革前的高校组织模式及其缺陷
　　1952年高校院系调整后形成了大学一系一教研室的高校组织结构。在当时计划经济条件下，将大学按学科分成许多系，系内设专业，教学计划以专业为核心，按专业招生，大学按照国家以经济建设部门所需人才要求为依据制定专业目录，按照教会学生从事某一职业的技能为目标划分专业，按教育行政部门审定的专业或学科划分系级单位，教师按所研究的学科附属于各个系，专业设置理工分家，它将教师和学生都局限于一个专业、一个学科和一个系中，既严重限制了教师视野和思维，学生知识面狭窄，跨专业继续学习的能力低下。这种组织结构在本质上是一种计划体制的组织模式，它在当时特定的条件下速成培养国家建设急需的人才上起到了重要的作用。但这种组织结构使行政权力贯穿整个管理链并占据主导地位，学校机构庞大，管理层次多，等级明确，职能部门和各系、教研室各自为政。这种封闭管理，在信息社会已显得落后而不适应。
　　二、学术权力在高校组织中的地位
　　高等学校不同于其它社会组织的本质特征在于它的学术性。高等学校作为由生产知识的群体构成的学术组织，除了存在行政权外还存在着另一种权即学术权，它是大学权力结构中很重要的二个方面。学术权在大学里决非只是单纯影响学校的学术事务，而是应该拥有全面参与决策的权力。随着 科学 的发展，每个专业领域的判断越来越依赖于握有专业知识的专家教授，正是这些专业知识授予了专家、教授学术权力，并因此而强有力地影响着学院和大学的决策过程。在 中国 ，教授按规定享有一定的经济、生活待遇，而没有赋予其影响学校发展的参与决策权力。目前学术权与行政权在高校中还没有形成以院系为横向、学科为纵向的矩阵组织结构。
　　从表面上看这次高校体制改革是高校在组织结构上的重组、更新，实质上是高校中学术权和行政权的再次分配。如何处理好行政权和学术权之间的关系，促进高校的进一步发展是改革的一个核心问题。实行学院制管理，核心权力必须真正下放，给学院更多的活力，给广大教师、研究人员提供一个自由发挥的空间。
　　三、院系结构调整中的问题
　　20世纪90年代以来，我国高校纷纷对自己的院系结构进行了大刀阔斧的改革。但许多改革仍停留在表面，在快速变化的环境面前不能直接通过开放性的资源重组来迅速适应环境的变化，只能通过增加新的学院和中心的方式对环境的变化做出反应。在经费紧张时，只能通过紧缩旧学科来增设新学科，进而影响各个学科的发展。
　　随着科技的发展，技术间和学科间的联系日益紧密，许多技术通过交叉综合，才能产生新工艺、新材料、新技术。许多综合性问题也需要多学科相互合作才能解决。而现行的高校组织结构，人为地割裂了学科之间的联系，削弱了高校的整体科研能力和学术水平，严重影响了边缘学科的发展。传统的系已成为阻碍教师进行跨学科研究的障碍，迫切需要大学打破学科界限和专业壁垒，文理渗透，培养知识面广、能力强、综合素质高的通才。
　　四、大学管理模式的选择
　　高校院系结构调整从组织结构改革人手，抓住了改革的根本。许多高等 教育 的改革取向，如打破学科界限，促进文理渗透等，表面上看是改革教育模式的问题，但从操作层面上看则是改革组织结构的问题。由于教育、科研活动的特点与机械化大规模生产具有巨大的差别，因此不同层次和类型的大学宜根自身的特点采取不同的组织结构管理式。
　　一般来说，以教学为主，科研实力相对弱的应用型大学则宜采用较紧密的组织形式，如大学(学院)—系—教研室，在这种模式下，可以采取学校职能部门协调的式，进行各学科间相互协作，完成教学、科研任务。大学—学院—系、所，大学—学院—学科是教学和科研实力比较强的教学研究型及综合性大学实行的两种管理模式，这种模式采用相对松散的组织管理方式，可以给教师、研究人员提供一个自由发挥的平台。新合并的大学以及处于转型期的大学，多采用大学—学院—学系与大学—学系、所、部、中心并存的模式，因为大学处在转型之中，管理模式的并存和混合是必然的，但随着转型期的结束，这种并存和混合的管理模式应该逐渐萎缩，而选择另一种适合自己的管理模式。
　　总而言之，院系结构改革不仅仅是表面上的结构调整， 最重要的是管理者思想上对资源重新组合的理解。即使形式上院系结构进行了改革，符合 现代 大学的要求，但管理上仍然沿用计划 经济 体制时代的管理思想是无法达到预期的改革效果的。