《中国微生态学杂志》主要刊登有关国内外人体微生态学、动植物微生态学及分子水平的微生态学等各领域的基础研究、应用研究、发展动态、成果和技术方法，包括生态制品（人用、兽用、水产、环境等）的研究、正常微生物群与微环境的平衡关系以及微生态失调造成疾病的防治研究、实验室技术等，以及促进微生态学与生命科学各学科相关领域的学术交流。
《中国微生态学杂志》主要栏目
开辟的栏目有：述评、论著、临床研究、动植物微生态学、综述、讲座、技术方法、论著摘要（短篇报道）、国内外动态、产品信息及广告等。
《中国微生态学杂志》收录情况
中国科学引文数据库（CSCD核心库），中国科技核心期刊数据库，中国学术期刊数据库，被中国学术期刊网，俄罗斯《文摘杂志》（AJ of VINITI），美国《化学文摘》（CA），美国《剑桥科学文摘：自然科学》（CSA：NS），英国《国际农业与生物科学研究中心》（CABI），英国《公共健康》（Global Health），波兰《哥白尼索引》（IC）收录。
