为适应大气科学学科发展，2009年南京信息工程大学将《南京气象学院学报》更名为《大气科学学报》（中国标准连续出版物号：ISSN1674－7097；CN32－1803/P；英文刊名：TransactionsofAtmosphericSciences），并全新改版。《大气科学学报》聘任中国科学院大气物理研究所吴国雄院士为名誉主编，南京信息工程大学副校长管兆勇教授为主编，南京信息工程大学智协飞教授为执行主编，以“高起点、国际化、大品牌”为定位，全力打造具有国际影响力的一流大气科学学术期刊。
《大气科学学报》是经新闻出版总署批准,由江苏省教育厅主管、南京信息工程大学主办的大气科学类学术性期刊，继承原《南京气象学院学报》的中文核心期刊、中国高校优秀科技期刊、第三届华东地区优秀期刊、江苏省优秀期刊等学术荣誉，并被美国《气象学与地球天体物理学文摘》、美国《剑桥科学文摘》、《中国科学引文数据库》、《中国科技期刊精品数据库》等国内外重要检索系统收录。2010年《大气科学学报》荣获第三届中国高校优秀科技期刊奖。
《大气科学学报》遵循国家有关新闻出版法规，贯彻“百花齐放、百家争鸣”方针，鼓励和支持各种学派、不同学术观点的自由讨论，以繁荣我国气象科学事业，加强国内外大气科学学术交流和探讨，反映大气科学最新研究成果，促进大气科学发展为宗旨。《大气科学学报》以气象、海洋、生态及环境等相关学科的科研与业务人员和高等院校师生为主要读者对象，主要刊登大气科学领域具有创新性的高水平学术论著、短论，重大研究项目研究简报，重要学术会议报道，大气科学新观点、新理论、新技术、新方法的介绍以及大气科学发展动态综合评述等。
